Действия игры разворачиваются сразу же по окончании первого турнира "Смертельной битвы". Шанг Цунг, потерпевший поражение на турнире, пытается сбежать с острова, но ему стремятся помешать два шаолиньских монаха - Кунг Лао и Лиу Канг.
Игроку предстоит пройти множество сложнейших уровней, на которых придется сталкиваться в битвах с различными врагами и другими участниками турнира, также стремящимися спасти свои жизни. Вы повстречаете таких персонажей, как Соня, Джейд, Китана и другие.
Помимо жесточайших схваток, в игре вам предстоит также решать и разнообразные головоломки, что придает игре разнообразие. За успешное решение головоломок игроку также будет начисляться опыт, на который можно приобрести новые навыки и удары.